Secara administrasi Kelurahan Notoprajan terletak di wilayah Kemantren Ngampilan, Kota Yogyakarta. Wilayah Kelurahan Notoprajan dibatasi oleh :

1. Sebelah utara berbatasan dengan Kelurahan Ngampilan,

2. Sebelah Selatan berbatasan dengan Kelurahan Gedongkiwo,

3. Sisi Barat berbatasan dengan Kelurahan Wirobrajan,

4. Sedangkan di sisi timur berbatasan dengan Kelurahan Ngupasan.

Luas wilayah Kelurahan Notoprajan yaitu 037 km2. Kelurahan Notoprajan berada di sebelah barat pusat Kota Yogyakarta. Kelurahan Notoprajan merupakan daerah dataran rendah dengan suhu udara rata – rata 29ºC. Wilayah Kelurahan Notoprajan terdiri dari 50 RT (Rukun Tetangga) dan 8 RW (Rukun Warga). Jarak dari Kelurahan Notoprajan ke pusat pemerintahan kecamatan sekitar 1,5 km, jarak dari pusat pemerintahan kota administratif 0 km, jarak dari Ibukota Kabupaten atau Kotamadya daerah tingkat II adalah 500 m, jarak dari Ibukota Negara adalah 565 km. Wilayah kelurahan Notoprajan termaksuk dalam wilayah pariwisata Yogyakarta, potensi dari berbagai Kemantren merupakan hasil dari kreativitas masyarakat setempat berupa barang kerajinan tangan, khususnya pada kerajinan souvenir rajut berupa tas, dan baju.